Historia del Kingdom Hearts II

Portada del Juego

La historia comienza con el jugador controlando a Roxas en Villa Crepúsculo. Roxas tiene sueños de las aventuras de Sora, mientras que cada vez más misteriosos acontecimientos tienen lugar en Villa Crepúsculo durante las vacaciones de verano de Roxas. Después de obtener la Llave Espada para defenderse de los incorpóreos, Roxas entra en contacto con un joven vestido de negro llamado Axel. Axel parece saber sobre Roxas, aunque Roxas no tiene ningún recuerdo de él. Roxas finalmente camina en dirección hacia una mansión abandonada cuando una chica llamada Naminé le informa que es un incorpóreo, aunque él no sabía muy bien en ese momento lo que es un incorpóreo.

Por último, frente a un hombre misterioso, vestido de color rojo llamado DiZ, Roxas descubre a Sora, Donald y Goofy, durmiendo en el sótano oculto de la mansión. Roxas parece fusionar se con Sora. Tras eso, los tres compañeros despiertan de su largo sueño. Pepito Grillo, que había narrado con anterioridad las aventuras del trío, se capta de que su diario está completamente en blanco, a excepción de una nota que dice: "Dar gracias a Naminé" (que fue escrito por él propio Pepito durante Chain of Memories).
Después de conocer a Pete, un nuevo villano, y hablar con Yen Sid, el grupo fue informado de que debían volver a visitar muchos mundos para protegerlos tanto de los sincorazón como de los incorpóreos, en un intento por detener la Organización XIII. Estos incluyen tanto los lugares ya conocidos, pero también muchos otros mundos nuevos que nunca habían visitado.

Batalla contra los 1000 sincorazones

Durante el transcurso del viaje, los sincorazón, dirigidos por Maléfica revivida y la Organización, obligaron a Sora a ir a luchar contra un ejército masivo de 1000 sincorazón que están atacando a Bastión Hueco. En el camino, aprenden que el Ansem contra el que lucharon hace un año era en realidad el Sincorazón de Xehanort, y que el Incorpóreo de Xehanort, Xemnas, es el líder de la Organización XIII. También aprenden que Xehanort era un aprendiz del verdadero Ansem, de quien no se conoce su paradero.

Después de la batalla, Xemnas aparece y revela su objetivo final: los incorpóreos van a crear otro Kingdom Hearts, una puerta de entrada al corazón de todos los mundos que, presumiblemente, permitiria a los incorpóreos conseguir corazones y existir.

Después de enfrentar y derrotar a más miembros de la Organización,Sora se dirige al Mundo Inexistente para ajustar cuentas con la Organización, donde finalmente también se reúne con sus amigos Riku y Kairi. Sora aprende la verdad acerca de Roxas, así, él y Naminé son, respectivamente, los incorpóreos de Sora y Kairi, creados cuando perdieron sus corazones en Kingdom Hearts.

Al final, sólo Xemnas que queda de los trece miembros originales de la Organización. Sora y Riku se unen para derrotarlo, y cierran su nuevo Kingdom Hearts. Sora y los demás regresaron a su hogar en las Islas del Destino. A pesar de Sora tiene que decir adiós a Donald y Goofy, que sabe en su corazón que los verdaderos amigos nunca se van.